O Colegiado da CPST é composto pelo Coordenador Geral e pelos Diretores das Divisões:
- Administrativa;
- Controle e Logística;
- Desenvolvimento, Inovação e Marketing Institucional;
- Perícias em Saúde;
- Educação e Promoção da Saúde do Trabalhador;
- Vigilância em Saúde e Segurança do Trabalhador.
Ele tem por competência analisar e aprovar propostas e formecer assessoria e apoio à gestão da CPST.
Se reúne por convocação ordinária e extraordinária, sempre que necessário e é presidido pelo Coordenador Geral da CPST.